Nattokinase kan een wisselwerking beschikken over met verschillende medicijnen, bovenal medicijnen die de bloedstolling beïnvloeden. Dit samenvoegen over nattokinase met warfarine, heparine ofwel aspirine mag onder andere het risico op bloedingen vergroten.   Hoewel NK kortgeleden met populariteit wint mits kandidaat-geneesmiddel vanwege HVZ,